所得税や法人税は、事業者のいわゆる「儲け」に対して、事業者に課税されます。一方の消費税は、商品の販売やサービスの提供など、「取引」に対して広く公平に課税される税です。消費者が負担し、事業者が納付する点において、所得税や法人税と大きく異なります。

事業者が行う商品の販売・サービスの提供に対して課税される消費税（A）は、一旦事業者が消費者から預かります。一方、商品販売・サービス提供のために行った仕入れなどにも、同様に消費税（B）が課税されるため、事業者はこの仕入れなどにまつわる消費税を支払うことになります。

事業者は消費税申告書を作成し、預かった消費税（A）から、負担した消費税（B）を控除し、預かった消費税が多い場合は国に納税します。支払った消費税が多い場合は、国から還付を受けることができます。

インボイス制度とは、2023年10月1日から導入される仕入税額控除の方式です。今まで、仕入税額控除の適用を受けるためには、法定事項が記載された帳簿および請求書などの保存が要件とされていましたが、10月1日より、原則「適格請求書（インボイス）」以外での仕入税額控除が受けられなくなります。

インボイスを発行するためには、適格請求書発行事業者になる必要があります。適格請求書発行事業者になるには、登録申請書を税務署に提出してください。

取引先は、相手方から「適格請求書（インボイス）」を受領しない限り、自社の消費税申告において、仕入税額控除ができません。相手方から適格請求書発行事業者になることや、場合によっては値引きなどを要求されるかもしれません。

医療機関の場合、その多くは公的医療保険でカバーされる医療（社会保険診療）のため非課税取引です。従って、医療機関などが社会保険診療を提供する際に、患者から消費税を受け取ることはありません。また、年間の売上高が税抜きで1,000万円以下の場合には、上記消費税の納税を免除されます。

ここでの売上高は、医療機関の場合、健康診断・予防接種などの自費診療を指しますので、医療機関では消費税の納税を免除される事業者が多いものと思われます。

ただし、医療機関の支払いについての話は別です。取引先、例えば医療消耗品や薬剤仕入先、MS法人を有する医療機関の場合、取引先の消費税申告書を作成するときには、「適格請求書（インボイス）」を要求される場合があります。適格請求書（インボイス）」が得られないと、仕入先は自社の消費税納税額が増えてしまうからです。つまり、医療機関が適格請求書発行事業者に登録した場合、消費税申告書の提出が必要となり、税負担が増えることが予想されます。

医療機関が適格請求書発行事業者に「なる場合」と「ならない場合」を考えてみましょう。適格請求書発行事業者になる場合、「適格請求書（インボイス）」を発行するためのシステムをそろえる必要があり、コストが増加します。また、「適格請求書（インボイス）」発行のための人員の確保が必要です。さらに最低1年に1度、消費税申告書を作成して、納税ないし還付申請が必要となります。

医療機関が望まなくても、仕入先から「適格請求書（インボイス）」が発行されないと、消費税納税額が増加するため、消費税相当額の値引きを求められたり、最悪取引をお断りされたりする可能性もあるでしょう。

適格請求書発行事業者にならない場合、消費税が課税される税抜きの売上げが1,000万円以下であれば、消費税課税事業者になる必要がなく、納税の必要はありません。できれば、適格請求書発行事業者にならない方が、メリットが大きい場合が多いと考えられるでしょう。ただ、自由診療収入を患者さんなどに請求する際、消費税が請求できません。診療収入の値増しと見られる場合があり、トラブルにつながる可能性もあります。

インボイス制度は新しく導入される方式ですから、誰も実務に慣れておらず、混乱することも予測されます。インボイス制度の金銭的負担に着目が集まり、批判が起こっているのも事実です。また新型コロナウイルス感染症の影響が今も色濃く残っており、複数の減税措置が公表されています。

インボイス制度の導入は、2023年10月からになりますので、今後も特例が公表される可能性も考えられます。情報に対してアンテナを張り、税理士など専門家の助言を受けることをおすすめします。